在產學合作方興未艾的時代，1993年，「財團法人成大研究發展基金會」獲經濟部和教育部核准設立，以協助學校推動建教合作工作為宗旨。

「基金會」誕生於校務基金制度尚未建立的年代，建教合作現多稱為「產學合作」，其盈餘必須每年繳回國庫，無法成為學校營運的資源，也無法讓隔年教育部的補助增加；成立基金會負責管理部份建教合作計畫，相對可減少校方預算書上建教合作計畫經費的金額，從而避免教育部減少對學校的補助款。

再加上當時公部門的計畫案，需有財團法人資格才能競標，讓學研實力俱佳的成大師生一再錯失良機，因此時任教務長翁政義與研發會執行長的翁鴻山，極力敦促馬哲儒校長成立研究發展基金會。

研究發展基金會成立後，串聯建立業界與學界合作平臺，每年建教合作金高達2、3億，替成大建教合作開闢新的疆土，不僅提供師生磨練實務經驗的機會，更提升教學研究能力，也揭示了產官學合作的新起點。推動國家經濟與產業發展的同時，守護臺灣環境資源，例如，1990年至2018年執行經濟部的「太陽能熱水系統推廣獎勵辦法補助作業委辦計畫」；2004年起迄今，配合行政院環境保護署環境保護人員訓練所，提升各類環保技術人員的污染防制專業，維護環境安全。

2011年，研究發展基金會與台達電子文教基金會董事長鄭崇華一同捐款興建孫運璿綠建築大樓，這座「綠色魔法學校」，是臺灣第一座零碳綠建築，採用13種綠建築設計手法，達到節能65％，較一般辦公建築物減少51.7%的碳排放，是亞洲第1個取得白金級標章的教育大樓。這座建築，也成為研究發展基金會的辦公室，在每日的工作中，服膺聯合國的永續發展指標，善盡地球公民的義務。