2003年3月SARS疫情爆發後，短短不到半年，有669個可能病例，含84例死亡，臺灣成為全球SARS疫情擴散最快的地區，期間社區感染、院內感染接踵發生。面對突如其來的新興傳染病，臺灣公衛防疫體制及醫院感染管制面臨重大考驗，臺北、高雄均有醫院發生SARS院內感染群聚現象。

當媒體開始報導北臺灣的病例，遠在南臺灣臺南的成大醫院，也開始備戰，3月底緊急召開第一次「成大醫院SARS應變小組會議」，建立各項嚴密防範的措施，組織各應變小組編制成員，包括醫療組、急診組、監測組、後勤支援組、醫療資源組、教育資訊組和公關組等。

各組各司其職，全力投入SARS防疫，從發燒篩檢、臨床診治、個案通報聯繫、資訊收集、開會討論、政策措施擬定、模擬演練、防護示教到人員監測追蹤、電話諮詢等等，後續隨著SARS疫情演變，接踵而來的各式情況，均因開始即成立運作的應變小組，各種狀況得以迎刃而解。

成大醫院更在這場抗煞戰役中受命為專責醫院，肩負起南臺灣防疫重任，在全院同仁努力下構築強力防火牆，以12A病房成為SARS 戰場的核心點，成功守住臺南地區疫情，達到院內零感染。於疫情後，更獲得疾病管制署的補助，建立完整的負壓隔離病房，設立完善的防疫隔離動線規劃，確實執行標準作業流程與定期演練。

面對全球蔓延的未知傳染病疫情，成大醫院持續肩負南臺灣防疫的重責，在應對新興傳染病的戰場，例如2009年H1N1新型流感疫情、2013年中東呼吸症候群MERS疫情、2014年西非伊波拉疫情、2018到2020年剛果伊波拉疫情，以及2019年開始持續延燒至今的新型冠狀病毒肺炎疫情，成大寸土不讓，成為南臺灣防疫最堅實可靠的最後一道防線。